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　20XXの東京が舞台の本格ダンジョンRPG『ジェネレーション エクス』のシリーズ第3作にして最終編。
　前作での怪奇事件が終結したのも束の間、突如東京上空に推定全長3,000kmにも及ぶ巨大な胎児の姿をした謎の物体「エンブリオ」が出現。都市迷宮「アビス化空間」では再び「異形」が出没するようになっていた。
　「エクス」全メンバーがニューヨークの国連本部に出払っている今、危機に瀕した東京を救うのはプレイヤーだけだ......!!
　本作での新要素として、本職の他にもう一つブラッド（ジョブ）を選択できる「サブブラッドシステム」が導入されたほか、新ブラッドとして歌って踊れる「アイリス」が追加された。
　また、既存システムやスキルの改良・強化が行われている。